Le film est inspiré de la série de jeux vidéo Assassin's Creed, créée par la société française Ubisoft.
Grâce à une technologie révolutionnaire qui permet de décrypter la mémoire génétique, Callum Lynch revit les aventures de son ancêtre, Aguilar, dans l’Espagne du xve siècle. Callum découvre ainsi qu’il est issu d’une mystérieuse société secrète, les Assassins, et amasse les connaissances dont il aura besoin pour affronter dans le monde moderne une autre redoutable organisation : l’Ordre des Templiers.